La classe d'en Shinichi i la Ran decideixen fer un viatge en vaixell. En un primer moment en Shinichi decideix no anar-hi, però ràpidament canvia d’opinió quan troba una carta de desafiament que indica que un company serà segrestat durant el viatge. En Shinichi accepta el repte, però quan la que desapareix és la Sonoko, en Shinichi ha d’utilitzar totes les seves habilitats de raonament per cercar-la i a la vegada seguir protegint els altres estudiants. Després del fracàs, en Shinichi rep una trucada del segrestador que indica que ara raptarà un altre estudiant, exactament a les dotze del migdia. Ara en Shinichi s’ha de recuperar del seu fracàs anterior i espera evitar una nova tragèdia, hi ha quatre sospitosos i, per desgràcia, compta amb l'ajuda d'en Kogoro Mouri.